咸豐批閱奏折，那拉氏發表議論，干預政事，有時還替咸豐批閱奏折。1861年，咸豐死於熱河行宮，其子載淳即位，年號祺祥，尊生母那拉氏為聖母皇太后，因她居喪時居於西暖閱，故稱“西太后”。同年，西太后發動北京政變，誅殺和罷貶贊襄政務大臣，改元同治，兩宮垂簾聽政，因東太后稟性慈和，且對政治不感興趣，政事也由西太后把持。1876年，同治駕崩，西太后冊立其年僅五歲之侄載湉為帝，繼續垂簾聽政。1889年，她雖“徹簾歸政”，但實際仍處處干預朝政。1881年，她把東太后毒死，從此更專擅朝政。1898年，康梁聯同光緒發動戊戌政變，在袁世凱的出賣下，西太后獲知他們的計劃，發動政變，囚禁光緒，重新聽政，誅殺譚嗣同等六君子。1900年，當義和團運動席捲京津時，她利用他們“扶清減洋”的口號，聯同團員對外宣戰。八國聯軍攻陷北京，那拉氏挾光緒等宮中親貴逃往西安，下令殲滅義和團。從此慈禧專事媚外，提出“量中華之物力，結列國之歡心”，授權李鴻章，於1901年與列國簽訂喪權辱國的《辛丑條約》，實為中國淪為半殖民地之始。1908年，西太后病逝，享年七十四歲，諡“孝敬欽慈顯太后，簡稱“孝欽太后”。